Die Klostermedizin ist eine Errungenschaft des Mittelalters; sie bezeichnet eine Epoche der Medizingeschichte, in der das Wissen um Heilkunde in den Klöstern konserviert, angewendet und erweitert wurde. Sie bezog sich auf die hippokratische Lehre von den vier Körpersäften (Blut, Schleim, schwarze und gelbe Galle) und entwickelte eine umfangreiche Kräuterheilkunde, die zum Teil bis heute angewandt wird.Die Verbindung von Klostergemeinschaft und Medizin geht auf das Regelwerk des Heiligen Benedikt zurück, der den Dienst am Nächsten, besonders an Kranken, zum zentralen Auftrag der Mönche machte. Die Benediktiner sollten, so verfügte er, in jedem Kloster einen eigenen Raum für die Krankenpflege einrichten, ferner sollte ein Mönch eigens zum Pfleger und Arzt ausgebildet werden. Papst Gregor der Große erklärte die Ordensregel der Benediktiner zur verbindlichen Richtlinie für alle christlichen Ordensgemeinschaften.
Damit reagierte die Kirche auf einen Notstand: Mit dem Untergang des weströmischen Reiches Ende des sechsten Jahrhunderts war ein Großteil der antiken Heilkunst verloren gegangen; Mediziner und Apotheken waren für ein paar Jahrhunderte von der Landkarte Europas verschwunden.
Die Nonnen und Mönche nahmen sich der Heilkunst an und entwickelten sie teilweise in herausragender Weise weiter. Nachdem Karl der Große ein Gesetz erlassen hatte, das Klöster und Städte zum Anlegen eines Kräutergartens verpflichtete, war der Anstoß gegeben für eine Kräuterheilkunde, die nie mehr so intensiv betrieben werden sollte wie im Hochmittelalter.
Der Abt Walahfrid Strabo listete in seinem Lehrgedicht Hortulus im neunten Jahrhundert insgesamt 24 Pflanzen auf, deren Kultivierung er für einen Kräutergarten für unerlässlich hielt – dazu gehörten Melonen, Wermut, Fenchel, Lilien, Schlafmohn, Minze, Rosen und Betonien. Die Bücher Hildegards von Bingen sind bis heute ein Höhepunkt mittelalterlicher Medizingeschichte. Auf Basis der hippokratischen Säftelehre entwickelte sie eine Medizin, die im Mittelalter einmalig ist.
Im Verlauf der Renaissance wurden an den neugegründeten Universitäten Lehrstühle für Medizin eingerichtet, und auch Laien durften den Beruf erlernen. Damit entwickelten sich neben den Klöstern allmählich andere medizinische Forschungszentren. Dennoch blieben die Ordensgemeinschaften mit ihren Spitälern bis in die Neuzeit die wichtigsten karitativen Einrichtungen. Auch heute sind viele Krankenhäuser, Alten- und Kinderheime etc. in kirchlicher Trägerschaft.